十八年，复调署陕甘总督。十九年，命署两江总督，兼江苏巡抚。二十一年，实授两江总督。二十五年，上命增设布政使，其请分设江宁、苏州二布政使，而移安徽布政使驻安庆。二十七年，上南巡，命为御前大臣。二十九年，授文华殿大学士，仍留总督任。三十年，上南巡，年已七十，御书榜以赐。召阁，兼领兵事，充上书房总师傅。三十四年，兼翰林院掌院学士。三十六年，上东巡，命留京治事。是年四月，卒。赠太保，发帑五千治丧。

一则与曹雪芹的故事：尹继善初到南京，曹家刚已北返。不过，尹继善的总督衙院，与曹家在南京的“老宅”相邻。其时又兼两淮盐政，也是着和楝亭（即曹雪芹的祖父曹寅）一样的官。尹继善在南京一住，才日益会到曹家祖孙数辈、历时六七十年之久，在江南一带的得人心远非一般俗常仕宦可比。尹继善对曹寅，本已久所心慕，至此，宦地相同，官职联属，自己也十分喜诗文书史，于是有意无意之间，都在学步楝亭。在这心情之下，尹继善自然留意于访询曹家的现况，孙的下落。大约到乾隆十九年再署两江总督时，尹继善乘着搜罗人才之机会，决意务必跟寻楝亭的后人。而曹雪芹此时编述《石》一记，已经有了脂砚抄阅再评本。意在问世传奇的曹雪芹，正也想为书稿谋一乐为资刊版的东主。两相凑拍，事不难成。乾隆二十四年（1759年）秋，曹雪芹由于生计的艰难，为了著作的传布，一到江南。他的才华立即受到了尹继善的赏重，并以楝亭有此嗣孙引为欣。初时，宾主相得，情好甚笃。尹继善虽然才好士，但全是正统一派人，见曹雪芹的一些言谈行径，渐渐心有不乐之意。尹继善是正人，倒于一片好心，以其正统观念，设法挽救曹雪芹。而曹雪芹对于这“挽救”却是不同不相为谋，本不能接受。这么一来，各无恶意，皆本素怀，可是误会既多，彼此都无法谅解。曹雪芹如要自行我素，不肯污于俗，就必然被人视为狂妄无状，负义忘恩。他本是为了《石》一记而仆仆南游的，不想最后事情也就在这书上。乾隆二十五年，为加教，乾隆不得不亲“幸”永璇府第，意在察看，不期而遇竟发现了《石记》。当乾隆查有“内病”的永璇竟然偷看这“邪书”自然十分震惊恼怒，决心要清这“词小说”的一切原委。此事风波很快传到了璇岳家尹继善那里，不觉目瞪呆，因为著书人就在他的幕席之间。由是，风声汹汹，人言啧啧，顿时大为张。尹继善不肯卖楝亭的后人，就透消息给了曹雪芹，让他赶托故离职，潜它往，庶几可望避免多所株连。于是，无可回避的曹雪芹，则收拾行装，决意北返。幸而永璇有力，多方弥遮掩，设法将事搪过去，一时未至酿成大案。