孔有德所官兵与当地豪族不合屡有，对于士卒的象孔有德也是睁一只闭一只。

广西试御史萧奕辅指责孙元化放任孔有德：“卸罪于波涛，借词于风汛”，朝中布满指责孙元化之官员。

此次叛突然，前线也正与后金军激战，孔有德数千反倒是连战连胜，陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州，威名直震动登莱各府。

两军激战数日，赵率教先士卒，所辽东军皆狂呼酣战，奋勇当先，叛军不敌大溃，被平辽总兵赵率教歼灭于萌芽。

在这其间，山东巡抚余大可惊慌不已，闻报后托疾数日不，有听之任之的态度。

听闻孔有德于登莱等地起兵叛，文龙之承禄与文龙旧将耿仲明、李九成、李应元等将密议后迅速起兵响应。

多有士卒冲豪族府宅抢资并杀人家丁，与当地豪族家丁队甚重，正此时，登莱巡抚孙元化促令到达吴桥，言辞颇有激烈。

广东御史宋贤上疏抨击巡抚余大成与孙元化：“登莱抚臣孙元化侵饷纵兵，贪秽已极。其所辖士卒，数月间一逞于江东，则劓截主将；再逞于济南，则攻陷城池，皆法之所不赦者。”

与此同时在岛，总兵文龙被袁崇焕杀后，本来历史上应是黄龙继任总兵，但平辽总兵赵率教为萧亦所救，遂前往接手其。

当时任登莱巡抚的孙元化曾令孔有德以本兵，由海路抄袭后金后路耀州。

与孔有德好的东江镇旅顺副将陈有时忽然起兵响应，两方南北相呼应，辽东军腹背受敌，朝中无任何消息传来，一度不知如何是好。

然孔有德所登州兵与辽东军素不和，孔有德抵达吴桥时，偶遇大雨雪，队给养不足，又由于与山东人屡有，县人皆闭门罢市鄙视其。

赵率教闻讯立即置了一批叫嚣作的文龙旧，随即在岛誓师兵，率辽东军前往镇压承禄、耿仲明、李九成、李应元等将叛。

与孔有德是旧的登州将官耿仲明、陈光福等人立即举火为应，率本兵开门相迎，叛军遂冲登州城，大肆抢杀军民。

…

叛军近登州，孙元化急令总兵官张焘率辽兵守登州城外，遗总兵官张可大率本援辽浙军抗击，以两路成合击之势。

余大可闻报后觉得孔有德悍异常，更加惊恐万分，一下变成了定的“主抚派”，此后更是极力避免战，不断上疏朝廷封赏孔有德。

两军激战于阮城店，然山东兵不堪一击，当地人有言其“一战皆败而走”

联合一批旧兵与地方贼痞，竟一举发展为七八千人的大军，一度割据半个东江镇。

不过一直这样也不是个办法，实在不得已了，余大可这才派遣中军参将沈廷谕、陶廷鑨率数千山东兵前往抵御孔有德。

登莱巡抚孙元化闻之怒斥孔有德后：“急遣尚可喜、金声桓等抚定诸岛，而躬巡其地，商民，诛叛党，纵火焚其舟。”

时至今日，朝中仍是举棋不定。

辽东军与岛兵素来不合，赵率教率辽东军到达岛后文龙旧已经演变成彻彻尾的军，但是摄于平辽总兵赵率教的威严不得不虚与委蛇。

登莱巡抚孙元化闻得大怒，但考虑到辽东战局有需并未启奏崇祯给予罚，复令孔有德领八百骑由陆路赶赴前线大凌河增援。

孔有德一气之下，遂趁机擅动麾下将官士卒抢劫叛，悍然反叛。

萧亦看过邸报后已是冷笑不止，如今放任山东糜烂局面之举，与朝中此内斗不无关联。

但孔有德本对孙元化与辽东军素来不满，行军迟缓以致延误军机，后谎称遭遇风狼未能成功，被孙元化识破。

总兵张可大斩杀其妾陈氏后上吊自尽，孙元化自杀未成，被叛军俘获，终不一，厉声斥骂孔有德。

不甘此平静，悍然举兵投降后金。

登莱各府正糜烂之时，朝堂之上却对登莱巡抚孙元化的责任争议不休。

朝中的东林分应还不知登州已失，在弹劾孙元化与余大成之余居然还心存侥幸，主张招抚叛军。

在平辽总兵赵率教的雷霆措施之下，岛兵叛被镇压下去，登莱、岛各地形势正一度好转之时。

于崇祯五年正月的岛，平辽总兵赵率教斩文龙之承禄与耿仲明、李九成、李应元等将。

崇祯四年八月时，正是凌河大捷前夕，祖大寿曾一度被包围于大凌河不得，数路边军皆溃。

但张焘与孔有德是旧识，接战后其兵士随即投孔有德叛军，而张可大内突起自是大败。